Hola Carlos; las alternativas a los tratamientos químicos dependen de la gravedad de la infestación. Yo para el tema fúngico y bacteriano siempre aconsejo el prevenir con tratamientos con productos a base de cobre sistémico. En el caso de que te aparezca la enfermedad debes usar un químico.
En cuanto a los insectos plaga, los productos que te aconsejo son tratamientos con aceite parafínico a alta dosis y el spirotetramat; ambos son respetuosos con la fauna auxiliar.
Si tienes más dudas aquí me tienes.